Ein großer Umbau und eine Generalsanierung von Schloss Bruck erfolgte 1999/2000 nach Plänen von DI Gerhard Mitterberger (Graz/Lienz). Mitterbergers Konzept: den von Umbauten aus mehreren Jahrhunderten überlagerten mittelalterlichen Baukern wieder freizulegen, auch im Sinne einer Ausstellungs- und Sicherheitstechnik nach gängigen Standards.

Ein bis dato nicht möglicher Rundgang durch das Haus wurde geschaffen. Gleichzeitig ist dieser Rundgang auch eine Reise durch die Baugeschichte, indem bauliche Eingriffe transparent bleiben.

Im Frühjahr 2013 wurde die ehemalige Archäologische Abteilung im Westtrakt umgebaut, zum Hautpeingang hin geöffnet und als neue Ausstellungsfläche für kleinere, temporäre Ausstellungen adaptiert. Die Sanierung der Westfassaden, Fenster, Niveauabsenkung des Rittersaalbodens und weitere Restaurierungsmassnahmen sind in Absprache mit dem Bundesdenkmalamt für die Jahre 2013 - 2016 geplant. Finanzielle Unterstützung erfolgt durch die Landesgedächtnisstiftung Tirol, das Land Tirol / Kulturabteilung und das Bundesdenkmalamt.